Lembaga Penjaminan Mutu (LPM) STAIMPRO dibentuk pada tahun 2018 yang dipimpin oleh Imanuddin Abil Fida, MIRKH (periode 2018 s/d 2023) dan selanjutnya oleh Dr. M. Jadid Khadavi, M.Si (periode 2023 s/d sekarang). Sejalan dengan peraturan pemerintah, terkait dengan kegiatan penjaminan mutu pada perguruan tinggi maka implemetasi PPEPP berbasis manajemen risiko di STAIMPRO telah dijalankan dengan sangat baik. Seluruh kegiatan yang diselenggarakan UPPS dan UPPA dilakukan standarisasi mutu, monitoring dan evaluasi pelaksanaan rencana mutu, serta pemeliharaan dan peningkatan mutu secara berkesinambungan.
Komitmen terhadap mutu pendidikan ditunjukkan melalui implementasi Rencana Strategis (RenStra), Sistem Penjaminan Mutu Internal (SPMI) dan Sistem Penjaminan Mutu Eksternal (SPME) yang pelaksanaannya dikoordinasikan oleh Lembaga Penjaminan Mutu (LPM) yang telah mengimplementasikan prinsip Perencanaan-Pelaksanaan-Evaluasi-Pengendalian-Peningkatan (PPEPP) dan ditunjang dengan analisis manajemen risiko dimasing-masing UPPS dan UPPA.
STAIMPRO telah merumuskan visi, misi, tujuan, sasaran, (VMTS) dan strategi pencapaiannya secara lugas, jelas, realistik, dan integratif dengan melibatkan seluruh pemangku kepentingan. Rumusan Visi STAIMPRO “Menjadi Sekolah Tinggi yang memiliki keunggulan dalam pembinaan moral, pengembangan ilmu pengetahuan, penanaman jiwa entrepreneurship dan kemampuan dakwah berdasarkan nilai-nilai Islam di tingkat Nasional” diproyeksikan sampai dengan tahun 2025 dengan target capaian STAIMPRO pada posisi National Recognition.
STAIMPRO juga telah menjalankan tata pamong, kepemimpinan, dan tata kelola berbasis sistem informasi yang terintegrasi yang mampu mengelola STAI Muhammadiyah Probolinggo secara kredibel, transparan, akuntabel, bertanggung jawab, dan adil. Tata pamong telah memiliki kelengkapan struktur kelembagaan yang dibutuhkan dengan rumusan tugas pokok dan fungsi yang jelas, sehingga masing-masing dapat bekerja secara efektif dan efisien.